在一个电闪雷鸣、大雨瓢泼的夜晚,相貌凶恶的大马猴和二狗两个坏家伙驾驶汽车飞驰在森林中间的小路上,后座上放着一只他们极为看重神秘箱子。谁知半路突发意外,他们的车子被撞毁,箱子也飞到了森林中央。与此同时,光头强从李老板那里得到一套超先进的伐木工具,他冒着大雨赶赴林间作业,结果遭遇熊大和熊二的阻挠。两只熊抢走了工具箱,光头强急忙追上前去。混乱之中,工具箱和大马猴他们的搞混,被光头强阴差阳错带回家中。第二天一早,光头强突然发现家里多了个小女孩,原来这正是大马猴和二狗两人绑架而来的孩子。
堂本一辉是著名的钢琴演奏家,两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴,更斥资建造了堂本音乐厅,准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前,堂本音乐学院的学生相继死去,先是爆炸案,后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练,认识了女高音歌唱家秋庭怜子,拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险:润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 然而就是从这些事件中,柯南找到了推理的逻辑:凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天,小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕,绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑,要在罪犯引爆最后一个炸弹前,把他找出来。