阿加莎是个古怪的小女孩，总是发明一些奇怪的监视设备，并自诩为侦探。跟随妈妈搬入新社区后，她接到了一单调查商店失窃的案件。很快阿 加莎锁定了嫌疑人：住在隔壁的文森特。她偷偷翻进文森特家里探查，不料被文森特发现。妈妈以刚搬进街区促进交流的借口让文森特教她轮滑。文森特每次下午便失踪一阵子，阿加莎经过跟踪、打听等手段，得知文森特曾经有个好朋友，她认为文森特在废弃的工厂绑架了那个小女孩。阿加莎想要劝服文森特，深感被误会的文森特在众人的指责下离家出走。妈妈认为阿加莎在说谎，关停了她的侦探所。仍沉迷在侦探身份的阿加莎看到文森特偷偷回家，悄悄尾随他，发现他进入商店偷了一些狗粮。文森特气愤的跑开，而手抱狗粮的阿加莎被误认为是商店小偷。阿加莎明白了一切，原来那个好朋友“小女孩”只是文森特的狗，他的哥哥对动物过敏，只好将狗狗送人，但文森特舍不得，又将其要了回来放到工厂里，偷那些狗粮也是不得已。生病的狗狗咬了文森特一口，阿加莎来到工厂，看到发烧的文森特，她急忙叫了救援，救了文森特和狗狗。文森特最终好了起来，将小狗送给喜欢狗狗的阿加莎，而阿加莎小侦探的名声也传播开来。
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
