幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言…… 本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。
在未来世界，由于痛失爱子，天才科学家天马博士（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）创造出了机械人阿童木（弗莱迪·海默 Freddie Highmore 配音），想以此来作为儿子的替身，寻找安慰。虽然，阿童木拥有博士儿子的情感和记忆，而且先进的程序还在不断完善其情绪，并让他富有同情心。可是，博士始终无法接受失子之痛，对阿童木也不能正确对待，并认为他不是人类而将其抛弃。阿童木沦落为无家可归的流浪儿，而且还备受军方的四处通缉，并最终被抓住。军方要求天马博士拿掉阿童木的能源，让它变成军方机器人的能源配备。在最后时刻，天马博士突然醒悟，并协助阿童木逃走。面对军方的围追堵截，阿童木奋起反抗，最终一场惊世大战一触即发。在不断的旅行过程中，阿童木也逐渐成长，他也接受了自己这机械与人类结合的设计，并肩负起全人类生死存亡的重任。
时空背景设定在2509年，地球不只与USG石村号（USG Ishimura）和伊萨克．克拉克失去了联系，同时也与派去救援他们的USB欧班农号（USB OBannon）失联。欧班农号上有四名船员存活了下来，但是没有人知道其他成员的下落，也没有人知道他们遇上了什么事情，更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切，全都将透过《余波》来揭晓
