故事发生在妖精世界之中，精灵公主玛丽琳（埃文·蕾切尔·伍德 Evan Rachel Wood 配音）即将和她深爱的罗兰德（萨姆·帕拉迪奥 Sam Palladio 配音）步入婚姻的殿堂，可是，一次偶然之中，玛丽琳却发现罗兰德根本不爱自己，和自己结婚不过就是为了得到王位而已。心碎的玛丽琳陷入了悲伤和绝望之中。 罗兰德眼看自己的阴谋就要破灭，于是找到了单纯的小精灵阳光（伊利亚·凯利 Elijah Kelley 配音），花言巧语欺骗后者前往黑暗森林，那里住着会制作爱情药水的女巫蜜糖（克里斯汀·肯诺恩斯 Kristin Chenoweth 配音）。得到了爱情药水，阳光决心将它撒在玛丽琳的妹妹多恩（梅尔迪丝·安妮·布尔 Meredith Anne Bull 配音）身上，然而，沼泽大王（艾伦·卡明 Alan Cumming 配音）忽然出现，受到药水的影响，多恩竟
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
