小头爸爸带全家去俄罗斯出差，大头儿子在俄罗斯发现了自己画的白夜城是真实存在的，一家人半路遇到交通事故，被迫夜宿小旅馆，第二天醒来发现身处大头儿子画中的世界——白夜城。他们发现如果不解决白夜城中的危机便无法走出这个世界，一家人在白夜城中经历了重重困难终于回到了现实世界。
本片讲述的是蝙蝠侠（罗杰·克雷格·史密斯 配音）以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成，包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等，他们在高谭市作恶多端，一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌，同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人（Dana Snyder 配音）。除了Animilitia组织，蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人，一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
