故事的主角是五个无恶不作的坏蛋——风度翩翩的扒手“大坏狼”、见多识广的保险箱窃贼“贪心蛇”、冷静沉稳的伪装大师“美肚鲨”、暴躁易怒的打手“食人鱼”、伶牙俐齿的黑客专家“骇客蛛”闪亮登场，他们是最臭名昭著的“坏蛋联盟”。他们平时威风八面，四处作案，令人闻风丧胆。直到某一天，他们突然想成为模范公民，然而转型路途甚是艰难，且意外层出不穷，令人啼笑皆非。
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…… 立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声… 那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。 虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。 不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
本片是迪士尼根据当年红极一时的动画片《小鹿斑比》的跟拍之作，讲述的是小鹿斑比的成长故事。斑比在鹿妈妈死于猎人的枪下之后，在大雪纷飞的日子里遇到了他的父亲——鹿群的领导者，父亲将斑比带进了森林。斑比由于失去了母亲，整日耿耿于怀，对父亲作出的安排一直不予理会，甚至抗拒；然而，斑比始终要成长，他该怎样治疗好自己的心灵创伤，尽快适应丛林中弱肉强食的生活？
