奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
曾经作恶多端的大坏蛋麦克迈（威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音）在弃恶从善，化身为大都会的守卫者后，他当初发明出来的一系列邪恶道具再无用处。麦克迈灵机一动，举办了一次邪恶巢穴展销会，将恐怖泰迪熊、蜘蛛机器人、激光枪、火焰喷射器、死亡靴轮等当年的邪恶作品拿出来拍卖，任市民们选购。黄昏将近，拥挤不堪的巢穴变得空空荡荡，不过还有一个带着按钮的小盒子没有销售出去。麦克迈忘记了它的用处，随便按了一下，却意外启动了自己发明的最强大最邪恶的巨型机器人作品——超级超级大坏蛋（MMM）。面对一身正义战士装束的麦克迈，机器人不认旧主，向其发起了无情的攻击……
