镇西总兵刘大雄与夫人绮梅在返家途中被昔日四个仆人拦劫. 刘被害而绮梅被辱. 但四个仆人的背后主使是六亲王的随从, 绮梅反因企图谋杀官差被判终身流放到海中孤岛狼牙岛.在狱中绮梅与千手观音结为好友, 并在岛上产下一女. 千手观音不想让幼女卷入尘世, 将之送入尼姑庵, 主持将她取名为洁莲. 但20年过后, 练下一身武艺的洁莲还是因杀气太重犯下杀戒, 被逐出寺门. 洁莲从乾娘千手观音口中终於得知自己身世, 决心报这一血海深仇…
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
