战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中，拓也继续留在青森的高中就学，彼此在各自的道路上越走越远。 但是，多年后，佐由理在医院中陷入沉睡！这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症，与塔的力量有神秘的联系，而塔本身，似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人，到底是救佐由理，还是救世界！命运的解答，似乎就在云的那一端，他们曾经约定的地方。
大洗女子学园在第 63 届全国战车道大赛中拿得冠军，但文部科学省违背承诺，仍决定要大洗学园废校。不过，官员们仍给大洗多一次机会，就是要大洗战车道部和大学生选拔队来一场对战。可是，大学生选拔队的实力比一般高中生战车道队强很多倍之外，她们所使用的战车比高中生们所用的更先进，此外，队长还是西住流旗鼓相当的战车道世家—岛田流出身……不过，美穗等人得到各个学园舰的战车道部出手支援，一起为守护大洗学园而并肩作战。
