「キルラキル」「ニンジャスレイヤー フロムアニメイシヨン」といった話題作を手がける気鋭のアニメーションスタジオ・TRIGGERによるオリジナル劇場用作品。2013年、文化庁の若手アニメーター育成事業「アニメミライ」で発表された短編「リトルウィッチアカデミア」の続編となり、製作資金を米クラウドファンディングサイト「Kickstarter」を通じて募り、世界各国のファンから約7400万円が寄せられて実現した。幼い頃に見た魔女に憧れ、ヨーロッパの魔女育成名門校「ルーナノヴァ魔法学校」に入学したアッコだが、いまだにホウキにも乗れないどころか、騒動を起こしてばかり。罰として、友人のロッテ、スーシィと一緒に、魔女の歴史を再現したパレードに参加させられることに。パレードを成功させなければ落第は決定だが、どうせやるならハッピーなものにしたいと、アッコは街全体を巻き込んだパレードを計画するが……。
宇宙世紀0071年。サイド3ムンゾ自治共和国の議長だった父ジオン・ズム・ダイクンを亡くしたキャスバルとアルテイシアは、父の側近ジンバ・ラルと一緒にサイド3を脱出。地球で、エドワウ・マスとセイラ・マスと名前を変えて生活していた。一方サイド3はジオン自治共和国と国名を改め、副議長だったデギン・ソド・ザビ率いるザビ家が実権を掌握。ザビ家はキャスバルとアルテイシアを追いつつ、対地球連邦軍をにらみ、新兵器のモビルワーカーの開発に着手していた。
某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。 跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？
