东南亚某无人荒岛,一支由志愿者和机器人组成的救援队进行演练时,遭遇脾性古怪的奇兽追击,不断有巨兽冲击营地。逃亡过程中,救援队意外发现了“野人”袁元忠,这才得知岛上的变异怪相源于一年前基地的核废料泄露事故。为避免更大的危机,众人决定处理遗留的放射物质。危险的基地再次被打开,狰狞巨鳄倾巢而出,疯狂撕咬志愿者,獠牙阴森的兽人和变异巨兽将他们层层围堵。救援队联手机甲与群兽拼死打斗,争斗间丛林深处又传来阵阵嘶吼声,更多巨兽蜂拥而至……
一位善良的拾荒老人马老汉,在路上偶遇昏迷在路边的遇难男孩,便将他带回家中收养。男孩是马老汉收养的第三十六名孤儿,即取名马三十六。一天大雨,马三十六因一个意外,不慎被雷电击中,昏迷中,马三十六找回了他消失的记忆,原来自己是快乐星球被研发出来的唯一的类机器人。Q博士摧毁了快乐星球,自己是唯一逃脱的幸存者,Q博士一直在寻找他,想要把他彻底除掉。同时,Q博士又试图主宰地球。马三十六为了拯救快乐星球,保护地球人,与Q博士开始了一段勇气与智慧并存的战斗......
本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景,将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时,舰长皮卡特接到密电,称博格人已联合其他星系的力量,准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化,星际舰队对其不很信任,故没有派其出战。皮卡特不顾命令,仍然参与战斗,之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪,以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。