全球突然出现了很多来自宇宙巨大的“入口”，世界一片混乱、陷入危机。这些扭曲现实的入口为何出现，它们的另一端是？
生活中失意的吕飞意外进入游戏中，而他想要回到现实生活的唯一办法就是完成游戏关卡，于是吕飞开始了漫长的闯关之路。吕飞在寻找沉木和钨铁的途中，遭到了董拙等一派人的追杀，也结识了貂蝉和臧霸等人。吕飞被貂蝉的美貌和温柔所打动，几欲动情，却反遭貂蝉背叛……
2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…
机器人设计师维克多和他的机器人女友伊娃生活在林间别墅里，维克多开始对伊娃百依百顺感到厌烦，他决定赋予伊娃人的情感，却发现事情逐渐失控……
