缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
阿加莎是个古怪的小女孩，总是发明一些奇怪的监视设备，并自诩为侦探。跟随妈妈搬入新社区后，她接到了一单调查商店失窃的案件。很快阿 加莎锁定了嫌疑人：住在隔壁的文森特。她偷偷翻进文森特家里探查，不料被文森特发现。妈妈以刚搬进街区促进交流的借口让文森特教她轮滑。文森特每次下午便失踪一阵子，阿加莎经过跟踪、打听等手段，得知文森特曾经有个好朋友，她认为文森特在废弃的工厂绑架了那个小女孩。阿加莎想要劝服文森特，深感被误会的文森特在众人的指责下离家出走。妈妈认为阿加莎在说谎，关停了她的侦探所。仍沉迷在侦探身份的阿加莎看到文森特偷偷回家，悄悄尾随他，发现他进入商店偷了一些狗粮。文森特气愤的跑开，而手抱狗粮的阿加莎被误认为是商店小偷。阿加莎明白了一切，原来那个好朋友“小女孩”只是文森特的狗，他的哥哥对动物过敏，只好将狗狗送人，但文森特舍不得，又将其要了回来放到工厂里，偷那些狗粮也是不得已。生病的狗狗咬了文森特一口，阿加莎来到工厂，看到发烧的文森特，她急忙叫了救援，救了文森特和狗狗。文森特最终好了起来，将小狗送给喜欢狗狗的阿加莎，而阿加莎小侦探的名声也传播开来。
日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。 但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面…
