电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。 少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河...... 鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。 因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。 在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......
在遥远的爱尔兰，聪颖纯真的少年修士布兰登（伊万·麦克奎尔 Evan McGuire 配音）生活在一座高墙围筑的修道院内。为了抵抗维京人的入侵，院墙不断加高，卡拉院长（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 配音）更严格禁止布兰登他们踏入外部世界。某天，一名留着长发、幽默风趣的修士来到修道院，他便是闻名遐迩的艾奥娜绘经师伊丹（米奇·拉里 Mick Lally 配音）。此前伊丹持续创作那部重要的宗教典籍《凯尔经》，然而异族的侵略使他不得不中断这项神圣的工作。为《凯尔经》所吸引的布兰登，决心帮助伊丹完成经典的绘制，为此他不惜挑战禁令走出修道院。外面的世界充满新奇和危险……本片荣获2009年昂西国际动画电影节观众奖最佳影片奖、2009年萨格勒布国际动画电影节特别提及
