一万年以后

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…

明明是超级糟糕的初次邂逅，但是男孩和女孩的心就这样不经意被撩拨，被吸引，并慢慢走到一起。青春少女雏（麻倉もも 配音）喜欢上了初中的前辈恋雪（代永翼 配音），为了能和心上人在一起，她拼了命要考上恋雪所在的高中。苍天不负有心人，女孩最终和青梅竹马虎太朗（花江夏树 配音）考上了樱丘高中。另一方面，恋雪为了让单相思的女孩注意到自己，彻底改变了形象，结果却俘获了许多女孩的芳心。了解到这个情况，雏有心表白，只是……
　　本片在日本国内70块银幕上同时公映，首周初登场排名第九位，观众满意度排名第五位。