全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 在远东岛国日本，与卡巴内的威胁对抗，并在穿越前线、被厚重装甲覆盖的蒸汽机车（通称骏城）之一的甲铁城上生还的生驹等人，在卡巴内与人的攻防战地、面向日本海的废弃驿“海门”，与玄路、虎落、海门的人民组成“联合军”，谋划着击退卡巴内的策略。
在动物仙子（简·霍洛克斯 Jane Horrocks 配音）和小叮当（梅·惠特曼 Mae Whitman 配音）的帮助下，动物们浩浩荡荡的迁徙到了冬森林，冬森林实在是太美丽了，小叮当瞬间就被迷住了。之后，小叮当发现自己背上的翅膀竟然开始发光，她来到藏书室，好不容易找到了记载着翅膀发光缘由的书籍，却发现自己所需要的那几页书居然被虫蛀得斑斑驳驳。无奈之下，她只得前去寻求图书管理员的帮助，图书管理员告诉小叮当，她所寻求的答案就藏在冬森林之中，于是，小叮当踏上了寻求真理的旅途。在冬森林，小叮当遇见了铃兰花仙子（露西·海尔 Lucy Hale 配音），与此同时，一个隐藏了多年的秘密渐渐浮出水面。
琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。
